Medaka Kurokami é, no verdadeiro sentido da palavra, perfeito. Linda, inteligente e atlética, o sonho de Medaka é fazer os outros felizes. Então, quando ela se candidatar a Presidente do Conselho Estudantil da prestigiosa Hakoniwa Academy, vencer a eleição com 98% dos votos era de se esperar.
A primeira coisa que o barulhento novo presidente faz é configurar a “Caixa Medaka”, uma caixa de sugestões que permite aos alunos enviar qualquer tipo de solicitação de assistência. Junto com o cínico Zenkichi Hitoyoshi, seu amigo de infância que tem sido fortemente armado para ajudar, Medaka atende a esses pedidos em um ritmo ridículo. A cada trabalho realizado, ela acrescenta flores à sala do conselho estudantil, com o objetivo de encher toda a escola. No entanto, os dois estão prestes a descobrir que ajudar os outros pode ser muito mais difícil do que eles pensam, pois eles começam a descobrir um plano devastador centrado na academia e até na própria Medaka!
